1.1 Indel Identification
l KSJ Solexa read를 NCBI reference지놈에 MAQ를 통해 Alignment한결과 총 144,039의 Indels을 동정할 수 있었다.
l 144,039 Indels에서 유전자영역에서 발생한 Indels을 분석한 결과 Table 1에 보여주는 것처럼 5'UTR, CDS, 3'UTR, Intron에서 많은 수의 Indels이 발견되었다. Table 1에 나타난 결과를 보면 Homozygote 와 Heterozygote의 비율은 거의 비슷한 결과를 보여준다.
l 최초 coding region에 Indel이 생긴 유전자는 총 24개였다. 좀더 정밀한 분석을 하기위하여 RefSeq mRNA서열의 CDS서열 분석을 통해 8개 유전자의 coding region에서 발생한 indel은 거짓데이터 임을 확인하였다. 최종 coding region에서 발생한 indel은 15개 유전자에서 발생하였다.
l 최종 Coding region에서 Indel이 발생한 유전자는 15개 이며, 이들 유전자를 분석하여본 결과 olfactory receptor 관련유전자가 전체 coding region에서 발생한 indel의 53.33%를 차지함을 알 수 있었다 Table 2.
l 또한 우리는 15개유전자의 CDS에서 발생한 Indels 개중 XX개를 실험으로 검증하기 위하여 PCR을 실시하였다 Table 3(정확한 것은 아니고 예제를 붙여 넣은 것임).
l Coding region에서 발생한 Indel에서 특이적으로 많이 발생하는 서열의 분석과 frame shift를 분석한 결과 대부분은 12 Indel은 protein의 frame shift를 발생하고, 3개는 protein 의 indel이 발생하였다 Table 4.
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Tale 1. INDELS relative to human genes
|
||||
|
Index
|
InDel
|
|||
|
InDel Number
|
Homozygous
|
Heterozygotes
|
Gene Number
|
|
|
5'UTR
|
15
|
8
|
6
|
14
|
|
CDS
|
18
|
4
|
14
|
15
|
|
3'UTR
|
148
|
67
|
71
|
138
|
|
Intron
|
54036
|
7101
|
7691
|
14792
|
|
Total
|
54217
|
7180
|
7782
|
14959
|
|
Table 2. Summary of cINDELs
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||||
|
Indels Types
|
No. of base changhe
|
Gene Annotation
|
||
|
Gene Name
|
RefSeq
|
Function
|
||
|
Insertion
|
1
|
GPHB5
|
NM_145171
|
glycoprotein hormone beta 5
|
|
OR52A1
|
NM_012375
|
olfactory receptor, family 52
|
||
|
OR10AD1
|
NM_001004134
|
olfactory receptor, family 10
|
||
|
OR6C1
|
NM_001005182
|
olfactory receptor, family 6
|
||
|
ZNF717
|
NM_001128223
|
zinc finger protein 717
|
||
|
ZNF717
|
NM_001128223
|
zinc finger protein 717
|
||
|
2
|
ZNF717
|
NM_001128223
|
zinc finger protein 717
|
|
|
3
|
OR7C2
|
NM_012377
|
olfactory receptor, family 7
|
|
|
Deletion
|
-1
|
TIGD6
|
NM_030953
|
tigger transposable element derived 6
|
|
XKR5
|
NM_207411
|
X Kell blood group precursor-related
|
||
|
OR2B11
|
NM_001004492
|
olfactory receptor, family 2
|
||
|
OR2T4
|
NM_001004696
|
olfactory receptor, family 2
|
||
|
-2
|
CD36
|
NM_000072
|
thrombospondin receptor
|
|
|
-3
|
OR14A16
|
NM_001001966
|
olfactory receptor, family 14
|
|
|
LENG9
|
NM_198988
|
leukocyte receptor cluster (LRC) member 9
|
||
|
-4
|
OR13C2
|
NM_001004481
|
olfactory receptor, family 13
|
|
|
-5
|
DNAJC28
|
NM_017833
|
DnaJ (Hsp40) homolog, subfamily C
|
|
|
-9
|
ZNF717
|
NM_001128223
|
zinc finger protein 717
|
|
|
Talbe 3. Indels PCR varidation
|
|||||||
|
Chr
|
Location
|
Indel size (bp)
|
PCR Validated?
|
HOM/HET
|
Primer 1
|
Primer 2
|
Genomic region
|
|
chr10
|
97910090
|
1
|
Yes
|
HOM
|
CDS
|
||
|
chr11
|
118034255
|
1
|
Yes
|
HOM
|
CDS
|
||
|
chr14
|
62854161
|
1
|
Yes
|
HOM
|
CDS
|
||
|
chr15
|
97463631
|
1
|
Yes
|
HOM
|
CDS
|
||
|
chr1
|
202426235
|
-1
|
Yes
|
HOM
|
CDS
|
||
|
chr1
|
246045165
|
-3
|
Yes
|
HOM
|
CDS
|
||
|
chr2
|
151944292
|
-1
|
Yes
|
HOM
|
CDS
|
||
|
chr3
|
45242306
|
-1
|
Yes
|
HOM
|
CDS
|
||
|
chr9
|
106407214
|
-4
|
Yes
|
HET
|
|
|
CDS
|
|
Table 4. Distribution of Indel lengths in cording region
|
||
|
Indel length
|
Sequence
|
Indel Number
|
|
-9
|
CTACATTCT
|
1
|
|
-5
|
AATTA
|
1
|
|
-4
|
GTTA
|
1
|
|
-3
|
AGG
|
1
|
|
-3
|
CCT
|
1
|
|
-2
|
AC
|
1
|
|
-1
|
A
|
3
|
|
-1
|
T
|
1
|
|
1
|
A
|
2
|
|
1
|
C
|
1
|
|
1
|
G
|
2
|
|
1
|
T
|
1
|
|
2
|
TG
|
1
|
|
3
|
ATC
|
1
|
1.2 Genomic distribution of Indel
l KSJ Solexa read를 NCBI reference지놈에 MAQ를 통해 Alignment한결과 총 144039의 Indels을 동정할 수 있었다.
l 총 144,039 indel을 각 chromosome별로 분포하는 Indel을 분석한 결과 Indel의 분포는 크로모좀 사이즈에 비례하게 indel이분포함을 확인하였다. 하지만 Chromosome X, Chromosome Y의 경우 다른 autosomes들에 비해 현저하게 적은 InDel이 나타남을 확인하였다. Chromosome X의 경우 Sequencing coverage가 다른 chromosome에 비해 현저하게 떨어져서 Indle 발생이 적었다는 걸 알 수 있었다 Figure 1 (Sequencing Coverage Figure XX 참조).
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